Наиболее эффективен субстрат для грибов-шампиньонов - конский навоз на ржаной или пшеничной соломе.

Древесные опилки и стружка благодаря наличию смол, дубильных и экстрактивных веществ действуют отрицательно на развитие грибницы.

Опыт некоторых хозяйств показал, что при использовании конского навоза с высоким содержанием опилок урожаи грибов бывают невысокие (1,5-2 кг на 1 м²). При выращивании грибов на субстрате из конского или смешанного навоза в одном из совхозов средний урожай грибов составил 6 кг с 1 м², а на площади 650 м² - 8,3 кг с 1 м².

Навоз доставляют как непосредственно в теплицы, так и на открытые площадки, но лучшие результаты дает его подготовка в теплицах. В зависимости от площади теплицы навоз укладывают в один или два штабеля шириной 2-2,5 м и высотой 1,5-2 м. Для обогащения навоза органическими и минеральными веществами и получения однородной массы с хорошими физическими свойствами его подвергают переработке. С помощью обработок достигается оптимальная влажность навоза (55-65%), аэробный процесс разложения и пастеризации с минимальной затратой органических веществ, полное исчезновение свободного аммиака, убивающего грибницу, и слабощелочная реакция (рН 7,5-9).

Навоз перерабатывают путем трехкратной перебивки с добавлением минеральных удобрений. Первый раз навоз перебивают экскаватором, а последующие - вручную вилами. Некоторые хозяйства вместо перебивки навоза вручную используют навозоразбрасыватели. Хорошие результаты получаются при размельчении навоза силосорезкой. Перебивку повторяют через 7-10 дней, а иногда меньше, в зависимости от температуры воздуха в теплице. При более высоких температурах быстрее проходит ферментация навоза.

При первой перебивке на 1 т навоза добавляют 3-4 кг сульфата аммония, при второй и третьей - 10-15 кг гипса и 3-5 кг суперфосфата. После перебивки аэробные бактерии в разрыхленном навозе получают много воздуха, тепла, пищи и воды. Поэтому они быстро размножаются и вызывают самые разнообразные процессы разложения органического вещества. Азотсодержащие вещества (белки, мочевина) разлагаются под действием аммонифицирующих бактерий. Белки вначале гидролизуются до аминокислот, затем дезаминируются и образуют аммиак, создающий щелочную реакцию среды; часть его улетучивается из навоза, но большая часть превращается в углекислый аммоний. Гипс и суперфосфат, обогащая навоз кальцием, фосфором и серой, вместе с тем подавляют процессы аммонификации и подкисляют до слабощелочной реакцию среды. Подкисляет навоз также сульфат аммония, увеличивая в нем содержание азота и серы. В навозе происходит также нитрификация и разложение клетчатки целлюлозоразлагающими бактериями. Лигнин подвергается действию некоторых грибков и бактерий.

В результате разложения в период обработки навоз сильно меняет свой химический состав и теряет от 10 до 30% органических веществ главным образом за счет разложения клетчатки, пентозанов, пектиновых веществ и белков.

Навоз бывает готовым через 18-25 дней, имеет коричневый цвет, отсутствует запах аммиака, солома легко разрывается, Подготовленный навоз укладывают, как правило, в двух-трехгребневые грядки высотой 30 см и шириной в нижней части 40-45 см. Наиболее приемлемы трехгребневые грядки, так как проходные дорожки занимают меньшую площадь. Грядки готовят с помощью специальных корытообразных деревянных форм, в которые укладывают навоз и утаптывают ногами. Навоз выкладывают на землю путем опрокидывания форм. Более плоские гряды шириной 0,7-0,8 м применяют только для опилочного навоза в холодных помещениях (подвалах). Существенное значение в агротехнике шампиньонов имеет трамбовка навоза при закладке почвы, которая увеличивает плотность и уменьшает ее воздухопроницаемость. Более сильно трамбуют навоз из опилочной подстилки. При слабой трамбовке и особенно без трамбовки верхние слои почвы сильно пересыхают. Навоз из боен утрамбовывают слегка, только для придания грядам надлежащей формы.