Растение томата - однолетнее. Его стебель не дает опоры кусту. Он сильно ветвится за счет боковых побегов (пасынки), появляющихся из пазух листьев. Различают детерминантные и индетерминантные типы. У первых каждый побег заканчивается соцветием, и вследствие этого образуется сильно разветвленный низкий куст. Это так называемые кустовые томаты. У вторых (т. е. индетерминантных) ближайший к соцветию боковой побег растет так сильно, что продолжает главную ось и, следовательно, ведет к симподиальному строению. Эта первоначальная форма обозначается как коловые томаты, потому что эти высокорослые растения обязательно нуждаются в опоре.

Энергия роста пасынков возрастает от нижних соцветий к верхним. Способность томатного растения к регенерации очень нелика; оно способно образовать новую точку роста и развивающиеся из нее боковые побеги в любом месте.

После удаления пасынков из пазух листьев из побочных почек на том же месте, а также из листовых пластинок и соцветий могут образовываться новые пасынки. Цветки собраны вместе в сходные с гроздью завитки, различной величины и порядка. В зависимости от условий роста, соцветие может включать от 5 до 25 цветков, причем различают простые, двойные и нерегулярные формы. Соцветия появляются сбоку, через 2-6 междоузлий и у индетерминантных сортов они paзмещены oдно над другим преимущественно с одной стороны с незначительными отклонениями в пределах 60°. Двуполый цветок обычно имеет пятичленный желтый венчик диаметром около 1 см и 5 узких пыльников, сросшихся в трубку, сквозь которую проходит пестик. Для выращивания под стеклом предпочитают типы, у которых рыльце находится внутри трубочки с пыльниками, так как это способствует опылению. Часто возникают фасциации, причем увеличивается число зачатков цветков и плодов. Обнаруживали даже 15-членные цветки, из которых образовывались многокамерные, ребристые крупные плоды. Цветок цветет 2-3 дня, но уже за два дня перед раскрытием способен к опылению. Мейоз клеток пыльцы и материнских клеток зародышевого мешка начинается за 8-9 дней перед цветением и заканчивается за 2-3 дня перед раскрытием цветка. Нарушения в развитии под влиянием слишком высоких температур (>35°С) происходят поэтому сильнее всего при воздействии за 8-9 дней перед цветением. У томата преобладает самоопыление (примерно в 99,4%). Пыльца переносится механически ветром, а не насекомыми. Рост пыльцевой трубки и тем самым опыление лучше всего происходит при температуре около 25°С и прекращается при 7°, а также при 35°С. Партенокарпия крайне редка и приводит к деформации плодов. Ее, однако, можно индуцировать с помощью ростовых веществ, например монохлорфеноксиуксусной кислоты или гиббереллина.

Плод заполнен сочной тканью студенистой плаценты, в которую погружены семена. Плоды наследственно обусловленно бывают двух-, трех-, четырех- или в результате фасциаций многокамерные. Кожица плода - гладкая (опушенные типы нежелательны) и бесцветная или содержит желтые пигменты. В сочетании с красной окраской мякоти плода благодаря включению кристаллов ликопина получается кирпичная окраска зрелых плодов. Темно-красные плоды содержат дополнительно антоциан, в желтых плодах образования ликопина не происходит, а образуются желтые пластиды. У несозревших плодов окраска колеблется между беловато-зеленоватой и темно-зеленой; некоторые сорта склонны к неоднородному окрашиванию плодов и бывают светло- и темно-зелеными. Размеры плодов колеблются в пределах 30-80 мм в диаметре в зависимости от сорта, а также и условий роста.

Форма плода может быть от совершенно круглой до плоскоокруглой, а поверхность гладкой или ребристой, причем гладкая предпочтительна. Созревание плодов начинается в среднем через 65 дней после цветения. Одновременного созревания всех плодов одного соплодия еще не удалось добиться; как правило, ближайшие к стволу плоды созревают на 10-14 дней раньше плодов на конце соплодия.