При бактериальном раке томатов (Gorynebacterium michiganense) сосудистая система закупоривается бактериями, растения увядают и окончательно разваливаются после медленного увядания. Сосудистые пучки окрашиваются в коричневый цвет. Семена в сухом виде нужно протравливать препаратами ТМТД. Почву и грунты нужно пропаривать.
Различные, обитающие в почве грибы вызывают различные, характеризующиеся гнилями корней болезни корневой шейки и увядания растений, при которых растение поражается из почвы через корни. Более редкая форма заражения бывает на надземных частях растений, когда споры через раны попадают в сосуды. Возбудителями являются организмы, вызывающие болезни сеянцев и определенные виды Fusarium, а также Colletotrichum atramentarium, Didymella lycopersici и Verticillium alboatrum.
Признаки увядания вызывает также гриб Sclerotinia sclerotiorum, причем заражается стебель, после чего происходит образование хлопковидного белого мицелия, а также гниение и разложение ткани.
Для предохранения от болезней корневой шейки и увядания необходимо пропаривание почвы. Пораженные растения надо удалять. Во все большем масштабе увеличиваются повреждения болезнями опробковения корней, вызываемыми Pyrenochaeta lycopersici. Типичные признаки этой болезни наряду с побурением и разложением корней это утолщение поврежденных корней корковыми слоями и трещиноватые опухоли коры.
В целях предупреждения почву нужно пропаривать. Наибольшее значение для предотвращения поражения имеют прививки на устойчивые подвои.
Для появления бурой пятнистости томатов или кладоспориоза (Cladosporium fulvum), решающими являются условия влажности и температуры. Возбудитель болезни нуждается для развития в температуре 15°С, в относительной влажности воздуха 90%, но при температуре 18-20°С достаточно уже ОВВ, равной 70-80%. Температура выше 32°С задерживает развитие гриба. Если у сорта нет генетической устойчивости, поражение грибом предотвращают, выдерживая ОВВ ниже 70%, для чего необходимо обильное вентилирование. Если поражение все же происходит, требуется многократная обработка органическими фунгицидами.
Органические фунгициды применяют также против иногда появляющихся в теплицах фитофтороза (Phytophthora infestans), пятнистости листьев бурой (Alternaria solani) и гнили плодов альтернариозной (Alternaria porvi). Для профилактики можно рекомендовать обработку один раз в две недели. При начавшемся поражении необходимо обрабатывать каждую неделю. Появляющаяся на многих видах растений в теплицах гниль серая (Botrytis cinerea) наносит большой ущерб прежде всего томатам. Ее распространению способствуют слишком высокая влажность воздуха и чрезмерное удобрение азотом. Так называемую кольцевую пятнистость томатов связывают с серой гнилью. Появление серой гнили следует предотвращать, добиваясь оптимального сочетания факторов роста. В случае необходимости для борьбы с серой гнилыо применяют препараты ТМТД. Системные фунгициды следует применять только в чередовании с другими фунгицидами, но не чаще, чем дважды на протяжении периода вегетации, так как существует опасность формирования устойчивости.